Offre de thèse
Développement de l'analyse épitranscriptomique des ARN dans les biopsies liquides et profilage des patients normaux et atteints de cancer
Date limite de candidature
31-05-2026
Date de début de contrat
01-09-2026
Directeur de thèse
MOTORINE Iouri
Encadrement
Co-encadrement avec Dr. V.Marchand (SMP IBSLor)
Type de contrat
école doctorale
équipe
Equipe 3 : Enzymologie Redox Multiéchelle et Epitranscriptomique (EpiRedOx)contexte
EURECA – The European Epitranscriptomics of Cancer Academy invites applications for 14 doctoral positions across Europe, offering a unique opportunity to be part of a cutting-edge training network in cancer epitranscriptomics, the study of RNA modifications and their and their impact on cancer initiation, progression, and treatment. EURECA is an innovative and interdisciplinary Marie Skłodowska-Curie Actions Doctoral Network (MSCA-DN) funded by the European Union. Coordinated by Erasmus University Medical Center (Rotterdam, The Netherlands), the network brings together 21 academic, clinical, and industrial partners from across Europe. Each doctoral candidate will undertake a cutting-edge research project, receive structured training, and benefit from international mobility through secondments at partner institutions to acquire the skills, knowledge, and entrepreneurial mindset needed to drive breakthroughs in cancer biology and contribute to the development of novel diagnostic tools and therapeutics. For more information visit us at eureca-dn.comspécialité
Sciences de la Vie et de la Santé - BioSElaboratoire
IMoPA - Ingénierie Moléculaire et Physiopathologie Articulaire
Mots clés
ARN, epitranscriptomique, sequencage, modification, biopsies liquides, cancer
Détail de l'offre
Objectifs :
1. Évaluer la quantité et la qualité des ARN circulants humains et déterminer les applications possibles du profilage épitranscriptomique ;
2. Optimiser toutes les étapes de l'extraction des ARN, du traitement chimique et de la préparation des bibliothèques pour un séquençage fiable des ARN cibles ;
3. Mettre en place une technologie permettant un profilage épitranscriptomique robuste et précis des espèces d'ARN présentes dans les biopsies liquides humaines et les fluides corporels tels que le sang, la salive et l'urine ;
4. Appliquer la technologie développée au profilage de la cohorte de patients atteints de cancer de la prostate et les comparer avec des sujets sains ;
5. Explorer la possibilité d'associer cette analyse à la technologie de séquençage nanopore.
Résultats attendus :
1. Acquérir des connaissances sur la composition des ARN non codants stables dans les biopsies liquides humaines et les fluides corporels et sélectionner des cibles appropriées et pertinentes pour le profilage épitranscriptomique ;
2. Établir des profils de modifications de l'ARN de référence pour des sujets sains ;
3. Comparer les profils de modifications de l'ARN des sujets sains et des patients atteints de cancer de la prostate (PCa) ;
4. Évaluer l'adéquation des profils épitranscriptomiques de l'ARN comme biomarqueurs ONT du cancer de la prostate.
Keywords
RNA, epitranscriptomics, sequencing, modification, liquid biopsies, cancer
Subject details
Objectives: 1. Evaluate amount and quality of human circulating RNAs and assess possible applications of epitranscriptomics profiling; 2. Optimise all steps of RNA extraction, chemical treatment and library preparation steps for reliable deep sequencing of target RNAs; 3. Establish technology allowing robust and precise epitranscriptomic profiling of RNA species present in human liquid biopsies and body fluids like blood, saliva and urine samples; 4. Apply the developed technology to profiling of the cohort of PCa cancer patients and compare them to healthy subjects; 5. Explore possibility for coupling this analysis to nanopore sequencing technology Expected Results: 1. Gain the knowledge on the composition of stable non-coding RNAs in human liquid biopsies and body fluids and select suitable and relevant targets for epitranscriptomic profiling; 2. Establish reference RNA modification profiles for healthy subjects; 3. Compare RNA modification profiles for healthy subjects and PCa patients; 4. Evaluate the suitability of RNA epitranscriptomic profiles as ONT biomarkers of PCa.
Profil du candidat
Domaine de recherche : Sciences biologiques » Biologie
Niveau d'éducation : Master ou équivalent
Compétences/Qualifications
• Solides connaissances générales en biochimie de l'ARN et biologie moléculaire
• Connaissances de base des méthodes NGS (Illumina et ONT) et des protocoles de préparation de bibliothèques
• Une certaine expérience en analyse de données dans l'environnement R ou Python serait bénéfique
• Bonne expérience pratique en extraction et manipulation d'ARN
Exigences spécifiques
• Bonnes compétences en communication en anglais, à l'oral et à l'écrit
• Solides compétences en organisation et rigueur scientifique
• Curiosité et motivation pour des projets scientifiques
• Personnalité orientée vers le travail en équipe
Langues : ANGLAIS/FRANÇAIS
Niveau : Bon
Domaine de recherche : Sciences biologiques » Biologie
Candidate profile
Research Field Biological sciences » Biology
Education Level Master Degree or equivalent
Skills/Qualifications
• Solid general background in RNA biochemistry and molecular biology
• Basic knowledge of NGS methods (Illumina and ONT) and library preparation protocols
• Some experience in data analysis in R or python environment would be beneficial
• Good practical experience in RNA extraction and manipulation
Specific Requirements
• Good communication skills in English, orally and written
• Strong organization and scientific rigor skills
• Curiosity and Motivation for scientific projects
• Team-oriented personality
Languages ENGLISH/FRENCH
Level Good
Research Field Biological sciences » Biology
Référence biblio
OA 1. García-Vílchez R, Añazco-Guenkova AM, Dietmann S, López J, Morón-Calvente V, D'Ambrosi S, et al. METTL1 promotes tumorigenesis through tRNA-derived fragment biogenesis in prostate cancer. Mol Cancer. 2023 Jul 29;22(1):119. doi: 10.1186/s12943-023-01809-8.
OA 2. Sklias A, Cruciani S, Marchand V, Spagnuolo M, Lavergne G, Bourguignon V, Brambilla A, Dreos R, Marygold SJ, Novoa EM, Motorin Y, Roignant JY. Comprehensive map of ribosomal 2'-O-methylation and C/D box snoRNAs in Drosophila melanogaster. Nucleic Acids Res. 2024 Apr 12;52(6):2848-2864. doi: 10.1093/nar/gkae139.
OA 3. Khoshnevis S, Dreggors-Walker RE, Marchand V, Motorin Y, Ghalei H. Ribosomal RNA 2'-O-methylations regulate translation by impacting ribosome dynamics. Proc Natl Acad Sci U S A. 2022 Mar 22;119(12):e2117334119. doi: 10.1073/pnas.2117334119. OA 4. Motorin Y, Helm M. RNA nucleotide methylation: 2021 update. Wiley Interdiscip Rev RNA. 2022 Jan;13(1):e1691. doi: 10.1002/wrna.1691.
OA 5. Motorin Y, Quinternet M, Rhalloussi W, Marchand V. Constitutive and variable 2'-O-methylation (Nm) in human ribosomal RNA. RNA Biol. 2021 Oct 15;18(sup1):88-97. doi: 10.1080/15476286.2021.1974750.
OA 6. Marcel V, Kielbassa J, Marchand V, Natchiar KS, Paraqindes H, Nguyen Van Long F, Ayadi L, Bourguignon-Igel V, Lo Monaco P, Monchiet D, Scott V, Tonon L, Bray SE, Diot A, Jordan LB, Thompson AM, Bourdon JC, Dubois T, André F, Catez F, Puisieux A, Motorin Y, Klaholz BP, Viari A, Diaz JJ. Ribosomal RNA 2'O-methylation as a novel layer of inter-tumour heterogeneity in breast cancer. NAR Cancer. 2020 Dec 22;2(4):zcaa036. doi:
10.1093/narcan/zcaa036.
OA 7. Ringeard M, Marchand V, Decroly E, Motorin Y, Bennasser Y. FTSJ3 is an
RNA 2'-O-methyltransferase recruited by HIV to avoid innate immune sensing. Nature. 2019
Jan;565(7740):500-504. doi: 10.1038/s41586-018-0841-4.
OA 8. Helm M, Motorin Y. Detecting RNA modifications in the epitranscriptome: predict and validate. Nat Rev Genet. 2017 May;18(5):275-291. doi: 10.1038/nrg.2016.169. Epub 2017 Feb 20. PMID: 28216634.