“Développement d'un outil d'assistance à la chirurgie éveillée des gliomes diffus de bas grade basé sur des méthodes d'apprentissage statistique”

Offre de thèse

“Développement d'un outil d'assistance à la chirurgie éveillée des gliomes diffus de bas grade basé sur des méthodes d'apprentissage statistique”

Date limite de candidature

30-09-2024

Date de début de contrat

01-10-2024

Directeur de thèse

MOUREAUX Jean-Marie

Encadrement

Le doctorant sera encadré par moi-même, ainsi que Fabien Rech (CHRU de Nancy - CRAN) et Sophie Mézières (IECL). Des réunions régulières de suivi de la thèse seront effectuées. Le doctorant se rendra également dans les locaux du CHRU de Nancy pour travailler sur des données issues du bloc opératoire.

Type de contrat

Concours pour un contrat doctoral

école doctorale

IAEM - INFORMATIQUE - AUTOMATIQUE - ELECTRONIQUE - ELECTROTECHNIQUE - MATHEMATIQUES

équipe

BioSIS : Biologie, Signaux et Systèmes en Cancérologie et Neurosciences

contexte

Les gliomes diffus de bas grade sont des tumeurs cérébrales infiltrantes dont l'évolution se fait systématiquement vers la transformation anaplasique. La stratégie thérapeutique consiste à diminuer le volume tumoral pour limiter ce risque de transformation et augmenter la survie [1]. La chirurgie est le traitement de 1ère intention. Etant donné que ces tumeurs infiltrent les structures fonctionnelles cérébrales, la chirurgie doit être réalisée en condition éveillée, avec une participation active du patient pendant que des stimulations électriques cérébrales sont réalisées pour identifier les structures fonctionnelles. Ces chirurgies éveillées ont ainsi montré un bénéfice en termes de qualité d'exérèse et de préservation des fonctions cérébrales. Toutefois, des variations progressives dans les performances des patients peuvent être observées au cours de la chirurgie, de mêmes que certains troubles fins (ex : délai de réalisation du test), difficilement appréhendables par l'évaluateur mais avec d'éventuelles conséquences postopératoires. A Nancy, ces chirurgies sont filmées afin de pouvoir revenir sur d'éventuels troubles per ou postopératoires et comprendre le rôle des structures cérébrales stimulées. Ces données vidéos seront exploitées dans le cadre de cette thèse.

spécialité

Automatique, Traitement du signal et des images, Génie informatique

laboratoire

CRAN - Centre de Recherche en Automatique de Nancy

Mots clés

statistiques, traitement d'images, classification, base de données cliniques

Détail de l'offre

L'objectif principal de ce sujet est de développer un outil d'assistance à la chirurgie éveillée basée sur des méthodes d'apprentissage statistique. Cet outil devra permettre de mieux identifier des troubles fins pendant la chirurgie, impossibles ou difficilement évaluables par l'humain, afin de mieux organiser le geste (détection d'éventuels « points de bascule » au-delà desquels le patient n'est plus performant) ou de le stopper (détection d'altérations en général minimes mais qui dans le contexte socio-professionnel du patient auront des conséquences délétères sur sa qualité de vie). Un objectif secondaire est la réalisation, basé sur les mêmes méthodes, d'un outil permettant de détecter les phases opératoires afin de réaliser des corrélations structures-fonctions adaptées (détection de la zone stimulée sur la vidéo et de l'anomalie comportementale avec enregistrement).


Les deux principales questions scientifiques que nous souhaitons traiter dans cette thèse sont :
• Comment détecter, analyser et enregistrer les réponses (motricité, parole) du patient à différentes stimulations au cours de la chirurgie, de façon automatique ?
• Les anomalies fines mises en évidence permettent-elles d'extraire des variables prédictives de l'état neurocognitif à court et long terme ?



S'agissant de la première question, la procédure actuelle de chirurgie éveillée n'est pas automatisée. La prise de notes des évènements liés à la stimulation est manuelle, donc imprécise, voire impossible pour certains paramètres fins, notamment de chronométrie L'interprétation de ces évènements pendant la chirurgie et lors du suivi post-opératoire est à la fois très importante et chronophage. Malgré des données vidéos disponibles, elle reste difficilement réalisable compte tenu de la longueur de la phase éveillée à analyser (2 à 3 heures)
Grâce à l'apport de l'intelligence artificielle, et en particulier du deep learning, nous proposons d'automatiser une partie de la procédure d'analyse des réponses à la stimulation, par le biais d'algorithmes de reconnaissance de mouvement et de reconnaissance vocale que nous transposerons aux conditions de la chirurgie éveillée. Cette approche nous permettra de mesurer de nouveaux paramètres jusqu'ici inexplorés, par exemple les variations de vitesse des mouvements au cours de l'intervention ou les temps de réponse...Elle permettra aussi d'identifier dans une vidéo off-line les moments-clés concernant une fonction ou une structure pour optimiser la procédure ultérieurement et d'établir des corrélations anatomo-fonctionnelles.

L'acquisition de ces données et leur identification précise devra permettre de répondre à la seconde question en corrélant ces données peropératoires au devenir cognitif à court et long termes des patients. Ce retour pourrait permettre finalement de définir en peropératoire des indicateurs de risque cognitif à long terme. Cette question n'ayant à notre connaissance pas encore était traitée, elle est exploratoire mais d'intérêt majeur pour la qualité de vie des patients à l'issue de l'intervention. L'idée que nous souhaitons développer ici est de relier à l'état postopératoire du patient ou au déroulé de la suite de l'intervention, certaines nouvelles variables, ainsi que certaines variables déjà proposées, comme la mesure du caractère infiltrant de la tumeur [2]. Ce lien sera étudié à travers un score cognitif postopératoire dans le but de définir un modèle personnalisé pour le patient.

Les travaux relatifs aux deux questions scientifiques énoncées devraient conduire à la mise au point d'un outil d'assistance au chirurgien lors des chirurgies éveillées et à une meilleure connaissance du fonctionnement cérébral.

Keywords

statistics, image processing, clustering, clinical data bases

Subject details

The main objective of this topic is to develop a tool to assist awake surgery based on statistical learning methods. This tool should make it possible to better identify fine disorders during surgery, impossible or difficult to assess by humans, in order to better organize the gesture (detection of possible 'tipping points' beyond which the patient is no longer performing) or to stop it (detection of generally minimal alterations but which in the socio-professional context of the patient will have deleterious consequences on his quality of life). A secondary objective is the realization, based on the same methods, of a tool allowing to detect the operating phases in order to realize adapted structure-function correlations (detection of the stimulated area on the video and the behavioral anomaly with recording). The two main scientific questions we wish to address in this thesis are: • How to automatically detect, analyze and record the patient's responses (motor skills, speech) to different stimuli during surgery? • Do the fine abnormalities identified allow for the extraction of predictors of short- and longterm neurocognitive status? The work on the two scientific questions set out should lead to the development of a tool to assist the surgeon in awake surgeries and a better knowledge of brain functioning.

Profil du candidat

Compétences en apprentissage statistique, traitement d'images, informatique

Candidate profile

Machine learning, statistics, image processing, computer science

Référence biblio

[1] Adult diffuse low-grade gliomas: 35-year experience at the Nancy France neurooncology unit, Tiphaine Obara , Marie Blonski , Cyril Brzenczek , Sophie Mézières , Yann Gaudeau , et al. Frontiers in Oncology, 2020, 10, pp.574679. hal-03024376v1
[2] An original MRI-based method to quantify the Diffuse Low-Grade Glioma brain infiltration. Cyril Brzenczek, Sophie Wantz-Mézières, Yann Gaudeau, Marie Blonski, Fabien Rech, Tiphaine Obara, Luc Taillandier and Jean-Marie Moureaux. In 10th International Conference on Image Processing Theory, Tools and Applications, IPTA'20, Paris, France, November 2020. hal-03024433v1