CD - Renaissance Oncologique par Organoïdes – Vers une plateforme pour optimiser les traitements du cancer du poumon

Offre de thèse

CD - Renaissance Oncologique par Organoïdes – Vers une plateforme pour optimiser les traitements du cancer du poumon

Date limite de candidature

09-06-2026

Date de début de contrat

01-10-2026

Directeur de thèse

RENAUD Stéphane

Encadrement

Recherche poste dans le cadre d'un projet de bourse doctorale de 3 ans au laboratoire INSERM NGERE, en co-encadrement avec le Dr Joseph Seitlinger Suivi hebdomadaire et réunion de cadrage mensuel

Type de contrat

Concours pour un contrat doctoral

école doctorale

BioSE - Biologie Santé Environnement

équipe

contexte

Le projet PHOENIX s'inscrit dans un contexte où, malgré des avancées thérapeutiques majeures (thérapies ciblées dans les années 2000 puis l'immunothérapie dans les années 2010), la prédiction de la réponse individuelle aux traitements du cancer du poumon demeure limitée, freinant les possibilités d'optimisation thérapeutique et la compréhension des mécanismes de résistance. Les modèles précliniques actuels tels que la culture cellulaire 2D, l'utilisation de lignées cellulaires immortalisées, ou le recours à des modèles de xénogreffes murines (PDX) ne reproduisent que partiellement l'hétérogénéité tumorale, les interactions immunitaires et le micro-environnement tumoral qui constituent des éléments majeurs prédictifs de la réponse. Les organoïdes tumoraux dérivés de patients (Patient Derived-Organoids, PDO) constituent une alternative prometteuse, mais leur utilisation reste entravée par le recours fréquent à des matrices d'origines murines tels que le Matrigel enrichi en facteurs de croissance tumoraux, la faible standardisation des protocoles et la difficulté à intégrer des cellules immunitaires autologues de manière fonctionnelle. Cette difficulté d'intégrer le composant immunitaire est notamment lié à la difficulté d'obtenir des tissus autologues (ganglions) ou le sang du patient (Peripheral Blood Mononuclear Cells, PBMC). Le projet PHOENIX propose de dépasser ces limites en combinant des organoïdes pulmonaires dérivés de patients, une matrice de fibrine contrôlée et la co-culture immunitaire (soit avec des tissus ganglionnaires soit avec des PBMC), une approche encore très peu décrite et susceptible de générer des données véritablement originales sur la sensibilité thérapeutique et les mécanismes de résistance. Les prérequis scientifiques semblent alors réunis : la faisabilité de la culture d'organoïdes pulmonaires (modèle publié par l'encadrant en 2022) et l'isolement de cellules immunitaires autologues (obtenus depuis 2024 au CHRU de Nancy dans le cadre du protocole OS-TUMOVASC). Les perspectives sont bien définies : établir une plateforme prédictive utilisable en délais cliniques (obtention d'organoïdes en quelques jours pour un délai d'introduction de traitement recommandé par l'Institut National du Cancer (INCA) de 6 semaines), identifier de nouvelles cibles thérapeutiques et proposer un modèle pertinent pour l'évaluation de traitements innovants. Par son positionnement méthodologique, son potentiel de résultats exploitables et les analyses prévues (analyse de la viabilité cellulaire CellTiterGlo, cytométrie en flux plateforme Symphony en collaboration avec IMOPA), la possibilité de tester des traitements innovants cellulaires (CAR-T cells avec le Pr Marie-Thérèse Rubio) ou moléculaires (Pr Stéphanie Grandemange) PHOENIX présente une pertinence scientifique suffisante pour générer des publications de haut niveau et soutenir une thèse en trois ans.

spécialité

Sciences de la Vie et de la Santé - BioSE

laboratoire

NGERE - Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux

Mots clés

Organoide, Cancer du poumon, Médecine personnalisée, Immunothérapie, Chimiothérapie

Détail de l'offre

Contexte : Le cancer du poumon reste une cause majeure de mortalité, avec plus de 1,8 million de décès en 2019. Les thérapies ciblées et l'immunothérapie ont amélioré le pronostic, mais l'optimisation des traitements demeure indispensable pour renforcer leur efficacité et limiter les effets secondaires. Les organoïdes 3D issus de cellules tumorales constituent une approche prometteuse pour modéliser certains cancers solides.
Objectifs : Le projet PHOENIX vise à développer une plateforme prédictive de la réponse aux traitements chez les patients atteints de cancer du poumon, dans des délais compatibles avec la pratique clinique. Il ambitionne aussi d'évaluer des thérapies innovantes et d'explorer les mécanismes de résistance.
Méthodologie :

Culture d'organoïdes tumoraux à partir de prélèvements chirurgicaux ou biopsiques.

Co-culture avec des cellules immunitaires autologues.

Analyses multiomiques pour caractériser la réponse et la composition cellulaire.

Positionnement : PHOENIX se distingue par l'usage d'organoïdes dérivés de patients, d'une matrice de fibrine définie et de co-cultures immunitaires, surpassant les modèles 2D et matrices murines.
Impact : Le projet ouvre la voie à une meilleure compréhension des résistances, à l'identification de nouvelles cibles et à l'optimisation de traitements personnalisés, tout en réduisant le recours à l'expérimentation animale.

Keywords

Organoids, Lung Cancer, Precision Medicine, Immunotherapy, Chemotherapy

Subject details

Context : Lung cancer remains a major cause of mortality, with more than 1.8 million deaths in 2019. Targeted therapies and immunotherapy have improved patient outcomes, yet optimizing treatments is still essential to enhance efficacy and reduce adverse effects. Three-dimensional organoids derived from cancer cells represent a promising approach for modeling solid tumors. Objectives : The PHOENIX project aims to develop a platform capable of predicting treatment response in lung cancer patients within clinically relevant timeframes. Secondary goals include evaluating innovative therapies and exploring mechanisms of resistance. Methodology : Culture of tumor organoids from surgical samples or endobronchial biopsies. Co-culture with autologous immune cells. Multi-omic analyses to characterize treatment response and cellular composition. Positioning : PHOENIX stands out through the integration of patient-derived organoids, a defined fibrin matrix, and co-culture with immune cells, surpassing traditional 2D models and poorly controlled murine matrices. Impact : The project offers a major methodological advance, improving understanding of resistance mechanisms, identifying new therapeutic targets, and supporting personalized treatment optimization while reducing reliance on animal experimentation.

Profil du candidat

Master 2 en biologie
Spécialisé en cancérologie, Immunologie
Expérience en culture cellulaire 3D

Candidate profile

Master in biology
Competent in oncology or immunology
With experience in 3D cell culture

Référence biblio

Kim, M., Mun, H., Sung, C.O. et al. Patient-derived lung cancer organoids as in vitro cancer models for therapeutic screening. Nat Commun 10, 3991 (2019). https://doi.org/10.1038/s41467-019-11867-6
Meng Y, Shu X, Yang J, Liang Y, Zhu M, Wang X, Li Y, Kong F. Lung cancer organoids: a new strategy for precision medicine research. Transl Lung Cancer Res. 2025 Feb 28;14(2):575-590. doi: 10.21037/tlcr-24-921. Epub 2025 Feb 18. PMID: 40114941; PMCID: PMC11921219.