CD Évolution de la compétition intra-guilde en réponse aux contrôles top-down et bottom-up dans les réseaux trophiques

Offre de thèse

CD Évolution de la compétition intra-guilde en réponse aux contrôles top-down et bottom-up dans les réseaux trophiques

Date limite de candidature

29-05-2026

Date de début de contrat

01-11-2026

Directeur de thèse

DANGER Michaël

Encadrement

L'encadrement sera effectué par Pierre Quévreux et Michaël Danger. Le suivi sera principalement assuré par des réunions régulières et trois réunion de commité de suivi (CSI). Le candidats bénéficiera également des nombreuses formations dispensées par l'Université de Lorraine via l'école doctorale SIReNa.

Type de contrat

Concours pour un contrat doctoral

école doctorale

SIReNa - SCIENCE ET INGENIERIE DES RESSOURCES NATURELLES

équipe

EMMA - Ecologie Microbienne des Milieux Anthropisés

contexte

Le fonctionnement des réseaux trophiques ainsi que leurs dynamiques sont principalement expliqués par des combinaisons d'effets top-down et bottom-up liés aux interactions trophiques (ref 1-3). Les contrôles top-down (prédation) et bottom-up (disponibilité des ressources) déterminent directement la distribution de la biomasse entre proies et prédateurs, créant ainsi des effets de cascades trophiques (alternance de niveaux trophiques abondants et peu abondants, ref 4-5). Ces interactions trophiques directes génèrent des interactions indirectes entre organismes du même niveau trophique : la compétition entre consommateurs pour une même ressource (couplage bottom-up) et la compétition apparente entre proies partageant un prédateur commun (couplage top-down, ref 6). Ainsi, dans les modèles de réseaux trophiques, la compétition entre organismes de mêmes niveaux trophiques (compétition intra-guilde) résulte des deux types de compétitions précédemment cités alors que les interactions non-trophiques directes restent largement négligées (e.g. territorialité et agressivité). Or une telle compétition, et en particulier entre les individus d'une même espèce, a un rôle majeur dans le fonctionnement des réseaux trophiques puisqu'elle conduit à une autorégulation des populations. Par exemple, la distribution de la biomasse dans une chaîne trophique est contrôlée par le ratio de l'intensité des interactions inter-spécifiques sur intra-spécifiques : un ratio faible mène à une distribution en pyramide alors qu'un ratio grand à une distribution en cascade trophique (ref 7). Cependant, la caractérisation de cette compétition intra-guilde directe a largement été négligée jusqu'à présent, menant ainsi à une indétermination des paramètres dans les modèles de réseaux trophiques. Une telle indétermination entraîne donc une grande incertitude sur les résultats des modèles actuels avec des inadéquations entre les biomasses simulées et celles mesurées sur le terrain pour les communautés du sol par exemple (ref 8-9), ce qui limite fortement notre compréhension générale de la dynamique des réseaux trophiques.

spécialité

Ecotoxicologie, Biodiversité, Ecosystèmes

laboratoire

LIEC - Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements

Mots clés

chaîne trophique, faune du sol, modélisation, dynamique des populations, traits fonctionnels

Détail de l'offre

La distribution de la biomasse entre les différentes espèces qui forment les réseaux trophiques est le résultat des dynamiques démographiques de chaque espèce en fonction des contrôles bottom-up (disponibilité en ressources) et top-down (mortalité due aux prédateurs). Cependant, la compétition directe intra-guilde (= au sein d'un même niveau trophique avec la territorialité par exemple) est également un facteur majeur déterminant la distribution de la biomasse puisqu'elle amène à une autorégulation de l'abondance de chaque espèce. La force relative entre interactions trophiques et compétition directe intra-guilde explique la distribution de la biomasse entre espèces selon des patterns de pyramide de biomasse ou de cascade trophique. Cependant, les paramètres liés à cette compétition directe sont encore très mal connus contrairement aux paramètres lés aux interactions trophiques (ex : taux de consommation), ce qui limite les prédictions fournies par les modèles de réseaux trophiques reposant sur des paramètres allométriques (taux biologiques calculés en fonction de la masse corporelle des organismes). Nous proposons d'utiliser des approches éco-évolutive reposant sur le cadre théorique de la dynamique adaptative pour prédire et comprendre les valeurs plausibles suivant le contexte écologique : les paramètres trophiques déjà bien établis, le niveau trophique des espèces et l'abondance de ressources. Une telle approche est en effet intéressante pour proposer une valeur réaliste d'un paramètre biologique lorsque le reste du système est bien connu puisqu'elle cherche à optimiser le taux de croissance en fonction des conditions environnementales. On s'attend à des rétroactions éco-évolutives entre niveaux tophiques car la compétition intra-guilde limite la biomasse des prédateurs et relâche le contrôle top-down sur leurs proies, ce qui mènerait alors des effets en cascade sur les niveaux trophiques inférieurs. Les modèles étudiés seront des modèles de chaînes et de réseaux trophiques qui seront analysés analytiquement et numériquement au moyen de simulations informatiques. Les prédictions théoriques seront confrontées à des mesures empiriques faites sur des invertébrés de la macro- et méso-faune du sol. Ces mesures seront effectuées lors d'expériences en micro- et mésocosmes visant a suivre le taux de consommation de ressources et de mortalité en fonction du nombre d'individus d'espèces détritivores et carnivores. La compétition directe intra-guilde étant caractérisée soit par un taux de mortalité augmentant avec la densité, soit une diminution du taux de consommation. Ce projet améliorer de façon significative notre compréhension générale des dynamiques trophiques en s'appuyant conjointement sur des approches théoriques et expérimentales et participera également à une meilleure description des dynamiques trophiques de la faune du sol.

Keywords

food chain, soil fauna, modelling, population dynamics, functional traits

Subject details

The distribution of biomass among the different species forming food webs is the outcome of the population dynamics of each species, which are governed by bottom-up (resource availability) and top-down (predator-induced mortality) controls. However, direct intra-guild competition (i.e. within the same trophic level, such as territoriality) is also a major factor determining biomass distribution, as it leads to self-regulation of the abundance of each species. The relative strength between trophic interactions and direct intra-guild competition explains the distribution of biomass among species according to biomass pyramid or trophic cascade patterns. However, the parameters related to this direct competition are still very poorly understood, unlike those related to trophic interactions (e.g. consumption rates), which limits the predictions provided by food web models based on allometric parameters (biological rates calculated based on the body mass of organisms). We propose using eco-evolutionary approaches based on the theoretical framework of adaptive dynamics to predict and understand the values taken by these uncertain parameters depending on the ecological context : the already well-established trophic parameters, the trophic level of the species and resource availability. Such an approach is indeed useful to estimate realistic values for a biological parameters when the rest of the system is well known, as it seeks to optimise the growth rate in response to environmental conditions. We expect eco-evolutionary feedbacks between trophic levels, as intra-guild competition limits predator biomass and relaxes top-down control over their prey, which would then lead to cascading effects on lower trophic levels. The models considered will be food chain and food web models, which will be analysed analytically and numerically using computer simulations. Theoretical predictions will be compared with empirical measurements on macro- and meso-faunal soil invertebrates. These measurements will be carried out during micro- and mesocosm experiments designed to track resource consumption rates and mortality as a function of the number of individuals of detritivorous and carnivorous species. Direct intra-guild competition is characterised either by a mortality rate that increases with density or by a decrease in consumption rates. This project will significantly improve our general understanding of trophic dynamics by coupling both theoretical and experimental approaches and improve our description of trophic dynamics in soil communities.

Profil du candidat

Nous recherchons un candidat avec des compétences fortes en modélisations comprenant des bases solides en mathématiques (systèmes dynamiques et algèbre linéaire) et une maîtrise des bases de la programmation (au moins en R). Des connaissances fondamentales en écologie des populations et des communautés sont également attendues avec une initiations aux modèles fondamentaux en écologie. Une appétence pour les approches expérimentales est également souhaitée.

Candidate profile

We are looking for a candidate with strong modelling skills, including solid foundamentals in mathematics (dynamic systems and linear algebra) and skills in programming (at least in R). Fundamental knowledge of population and community ecology is also required, as well as an introduction to fundamental models in ecology. An interest in experimental approaches is also desired.

Référence biblio

1 - Hairston, N. G., Smith, F. E. & Slobodkin, L. B. Community structure, population control, and competition. The American Naturalist 94, 421–425 (1960).
2 - Hunter, M. & Price, P. Playing chutes and ladders heterogeneity and the relative roles of bottom-up and top-down forces in natural communities. Ecology 73, (1992).
3 - Power, M. E. Top‐down and bottom‐up forces in food webs: do plants have primacy. Ecology 73, 733–746 (1992).
4 - Oksanen, L., Fretwell, S. D., Arruda, J. & Niemela, P. Exploitation ecosystems in gradients of primary productivity. The American Naturalist 118, 240–261 (1981).
5 - Carpenter, S. R., Kitchell, J. F. & Hodgson, J. R. Cascading trophic interactions and lake productivity. BioScience 35, 634–639 (1985).
6 - Amarasekare, P. Spatial dynamics of foodwebs. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics 39, 479–500 (2008).
7 - Barbier, M. & Loreau, M. Pyramids and cascades: a synthesis of food chain functioning and stability. Ecology Letters 22, 405–419 (2019).
8 - Buchkowski, R. W., Barreto, C. & Lindo, Z. soilfoodwebs: An R package for analyzing and simulating nutrient fluxes through food webs. European Journal of Soil Biology 119, 103556 (2023).
9 - Quévreux, P. & Jabot, F. Consequences of the multichannel structure of soil food webs on ecosystem functioning (submitted)
10 - Geritz, S., Kisdi, E., Mesze´NA, G. et al. Evolutionarily singular strategies and the adaptive growth and branching of the evolutionary tree. Evolutionary Ecology 12, 35–57 (1998).
11 - Ott, D., Rall, B. C. & Brose, U. Climate change effects on macrofaunal litter decomposition: the interplay of temperature, body masses and stoichiometry. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences 367, 3025–3032 (2012).