Offre de thèse
CD Caractérisation fonctionnelle des Glycosaminoglycanes au sein de la machinerie de modification post-traductionnelle du collagène
Date limite de candidature
01-06-2025
Date de début de contrat
01-10-2025
Directeur de thèse
VINCOURT Jean-Baptiste
Encadrement
Organisation de l'encadrement doctoral dans le laboratoire : Le laboratoire IMoPA (150 personnels permanents UL et CNRS majoritairement) accueille annuellement 7-10 nouveaux doctorants. Sauf contre-indication, leurs bureaux sont de grands bureaux partagés entre doctorants des 8 équipes, facilitant les interactions scientifiques et humaines. Ils élisent des représentants au conseil de laboratoire, également chargés de faire connaitre à la direction les problèmes humains le cas échéant. Ils sont de plus suivis par la cellule de gestion des risques psycho-sociaux. Expérience d'encadrement du responsable : Le projet proposé s'inscrit dans la thématique de l'équipe et du laboratoire d'accueil IMoPA. Le doctorant sera encadré et formé à la paillasse par JB Vincourt, dont la fonction (IR de plateforme) le rend disponible, concerné et expérimenté sur tous les aspects pratiques. Il a par ailleurs l'expérience d'encadrement doctoral (D. Wilhelm, thèse soutenue en 2018), post-doctoral (Claudie Bantsimba-Malanda, 2009-2010), de formation technique de doctorants (récemment Roméo Diana, thèse soutenue en 2024) et d'encadrement de plusieurs stagiaires annuellement. Il amènera le doctorant à maitriser de manière progressive son sujet. Par ailleurs assistant de prévention, il veillera au bon respect des mesures d'hygiène, à la santé morale du doctorant et plus globalement à son bien-être avec le reste de l'équipe d'accueil. Il veillera aussi à la juste répartition des formations doctorales au cours du temps imparti, et ce dès le début du doctorat. Organisation des interactions : A minima un suivi hebdomadaire informel de 2x2h d'entretien entre le doctorant et le responsable sera organisé, ainsi qu'une réunion mensuelle avec tous les membres de l'équipe afin de faire un point sur l'état d'avancement des travaux sous forme de présentation orale et favoriser la maîtrise et une meilleure appropriation du sujet. Formation technique : Le doctorant aura la possibilité de développer un panel de compétences (en biologie moléculaire, biochimie, glycobiologie, approches omiques, analyses de données) du fait de la pluridisciplinarité du sujet. Il pourra suivre également les formations externes proposées par l'UL. Une initiation à des techniques biophysiques viendront également s'ajouter à ce panel de compétences sous la forme de stages au LCPME sous la direction de Grégory Francius, DR CNRS. Valorisation des travaux : Une participation à un ou plusieurs congrès nationaux dans le domaine de l'analyse protéomique est prévue rapidement pendant la thèse (Spectrométrie de Masse et Analyse Protéomique, SMAP). Une participation à des congrès internationaux dans le domaine des PG (« Proteoglycan Meeting ») et de la matrice extracellulaire (Matrix Biology Europe, European Tissue Repair) et/ou une « Gordon Conference » si les résultats le permettent, sont également considérées, pour présentation sous forme de communication orale ou par affiche, afin développer un réseau professionnel et de faciliter les échanges avec les scientifiques de renommée internationale du domaine. Le projet proposé devrait permettre au doctorant de publier au moins un article à comité de relecture en tant que 1er auteur dans les délais impartis. Enseignement : Des vacations d'enseignement à la Faculté des Sciences et Technologies pourront être proposées au doctorant afin de s'initier à l'enseignement supérieur selon ses appétences. Ces interventions pourraient correspondre à des Travaux Pratiques en Biochimie aux étudiants de première année LSV Parcours Biologie, dans lequel interviennent des membres de l'équipe. Perspectives professionnelles spécifiques : Le projet est fondamental mais traite d'un sujet et repose sur des technologies valorisables y compris dans le monde de l'industrie pharmaceutique et parapharmaceutique, avec lesquels le laboratoire et la plateforme de protéomique collaborent actuellement ; dans l'hypothèse où le doctorant souhaiterait s'orienter vers ce secteur, l'expérience acquise en menant à bien ce projet constituerait un atout. Le cas échéant, le doctorant pourra interagir avec les industriels en question dans le cadre de son projet. Bien que les retombées cliniques s'inscrivent sur du long terme, ce projet peut permettre au doctorant de développer un lien avec le secteur associatif et les patients dont les attentes sont fortes. Cet aspect de son travail pourrait représenter un atout supplémentaire de développement personnel et potentiellement professionnel.
Type de contrat
école doctorale
équipe
Equipe 2 : Glycobiologie moléculaire cellulaire et translationelle (GlycoBio)contexte
Les syndromes d'Ehlers-Danlos (SED) sont un groupe hétérogène de maladies génétiques rares affectant les propriétés mécaniques et fonctionnelles des tissus conjonctifs. Trois signes cliniques cardinaux les caractérisent i.e. une hyperlaxité articulaire, une hyper-élasticité de la peau et une fragilité de l'ensemble des tissus et organes. Cette symptomatologie reflète l'altération des MEC. Les gènes identifiés initialement dans les formes les plus fréquentes codent pour les précurseurs des collagènes (COL1A1, COL1A2, COL3A1, COL5A1, COL12A1) ou les enzymes catalysant leurs modifications post-traductionnelles (ADAMTS2, FKBP14, PLOD1). Notamment, la déficience génétique en PLOD1 est responsable du SED de sous-type cyphoscoliotique. L'équipe Glycobio a contribué à identifier un sous-type rare de SED, dit spondylodysplasique (spSED), phénotypiquement proche du SED cyphoscoliotique, dû à des mutations au niveau des gènes codant les B4GalT7 et B3GalT6 et travaille à la compréhension moléculaire, à l'amélioration du diagnostic et de la prise en charge des patients souffrant de ces maladies génétiques rares. Ces études sont menées en collaboration étroite avec des généticiens spécialistes mondiaux des SED et les associations de patients atteints par ces pathologies (UNSED, ESPOIR). Problématique du projet : Les SLRP sont des régulateurs importants de la fibrillogenèse du collagène. Mais il est également vraisemblable que certains SLRP modulent directement les modifications pos-traductionnelles du collagène, avant même son assemblage, notamment en modulant l'activité LOX. De plus, notre analyse transcriptomique a mis en évidence une augmentation d'expression des gènes LOXL1, LOXL2, LOX et PLOD1 dans les fibroblastes primaires issus de patients par rapport aux contrôles, confortant l'hypothèse d'une fonction de la synthèse des GAGs dans les modifications post-traductionnelles du collagène.spécialité
Sciences de la Vie et de la Santé - BioSElaboratoire
IMoPA - Ingénierie Moléculaire et Physiopathologie Articulaire
Mots clés
collagène, glycosaminoglycane, modification post-traductionnelle, glycosyltransferase, maladie génétique rare
Détail de l'offre
Le collagène est une protéine dont l'assemblage polymérique détermine largement les propriétés mécaniques des tissus conjonctifs. Les détails de son assemblage sont régis par des modifications post-traductionnelles, catalysées par les lysyl oxidases (LOX, LOXL1-2) et les lysyl hydroxylases (PLOD1-3). Mais les spécificités fonctionnelles de chacune de ces enzymes restent mal caractérisées. Les syndromes d'Ehlers-Danlos (SED) sont des défauts mécaniques des tissus conjonctifs, en général dus à des mutations des gènes impliqués dans la biosynthèse du collagène. Nous avons décrit, dans une forme très rare de SED, des mutations du gène B3GALT6 codant une glycosyltransférase essentielle de la synthèse des glycosaminoglycanes (GAG), suggérant que les GAGs ou leur voie de biosynthèse pourrait contribuer à la machinerie de maturation du collagène. Dans des modèles cellulaires complémentaires d'assemblage de matrice extracellulaire, nous comparerons les conséquences moléculaires élémentaires de l'absence de chaque enzyme d'intérêt et les propriétés biomécaniques. Cela permettra de mieux distinguer les fonctions élémentaires des LOX/PLOD, d'intérêt fondamental en biologie du collagène, mais aussi, de caractériser l'implication directe ou indirecte de la biosynthèse des GAGs dans la maturation du collagène, ouvrant la perspective d'une meilleure compréhension du mécanisme pathogénique du SED spondylodysplasique et de sa meilleure prise en charge clinique.
Keywords
collagen, glycosaminoglycan, post-translational modification, glycosyltransferase, rare genetic disease
Subject details
Collagen is a hierarchical, protein-made polymer, the assembly of which largely determines the mechanical properties of connective tissues. The details of its assembly are governed by post-translational modifications, catalyzed by lysyl oxidases (LOX, LOXL1-2) and lysyl hydroxylases (PLOD1-3). But the functional specificities of each of these enzymes remain poorly distinguished. Ehlers-Danlos syndromes (EDS) are mechanical defects of connective tissues, generally due to mutations in genes involved in collagen biogenesis. We have described, in a very rare form of EDS, mutations in the B3GALT6 gene, encoding a glycosyltransferase essential for the synthesis of glycosaminoglycans (GAGs), suggesting that GAGs or their biosynthesis pathway could contribute to the collagen maturation machinery. In complementary cellular models of extracellular matrix assembly, we will characterize the elementary molecular consequences of the absence of each enzyme of interest, and the biomechanical properties. This will allow better distinguishing the elementary functions of LOX/PLOD, which are of fundamental interest in collagen biology. It will also facilitate characterizing the direct or indirect involvement of GAG biosynthesis in collagen maturation, opening the perspective of better understanding the pathogenetic mechanism of spondylodysplastic EDS and its improved clinical management.
Profil du candidat
-Master 2 en biochimie, biologie moléculaire, santé ou équivalent, obtenu en 2024 ou 2025.
-expérience (idéalement de M2) dans le domaine de la matrice extracellulaire ou de l'analyse protéomique par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse
Candidate profile
-Master 2 in biochemistry, molecular biology, heath sciences or equivalent, obtained in either 2024 or 2025.
-experience (ideally, obtained as M2 student) in extracellular matrix biology or proteomics based on liquid chromatography-coupled to mass spectrometry.
Référence biblio
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24 Henrionnet, C., Gillet, P., Mainard, D., Vincourt, J. B. & Pinzano, A. Label-free relative quantification of secreted proteins as a non-invasive method for the quality control of chondrogenesis in bioengineered substitutes for cartilage repair. J Tissue Eng Regen Med 12, e1757-e1766, doi:10.1002/term.2454 (2018).