Offre de thèse
CD Etude du rôle du facteur d'assemblage ZNHIT6 et du complexe protéine chaperon R2TP dans la biogenèse des snoRNP C/D
Date limite de candidature
10-06-2025
Date de début de contrat
01-10-2025
Directeur de thèse
MANIVAL Xavier
Encadrement
BRAGANTINI Benoît (IR-CNRS) Equipe RNA/P
Type de contrat
école doctorale
équipe
Equipe 1 : ARN, RNP (RNA/P)contexte
Les particules non codantes RiboNucléoProtéiques (ncRNP) font partie des assemblages macromoléculaires les plus complexes de la cellule. Bien que les premières études menées sur des bactéries aient indiqué que les ribosomes procaryotes s'assemblaient spontanément in vitro, il a été démontré par la suite que, dans les cellules, leur assemblage nécessitait un ensemble de facteurs spécifiques. Ces derniers assistent le repliement tertiaire des protéines cœur et quaternaire de la RNP, les transportent, améliorent l'efficacité et la spécificité des interactions et assurent un contrôle qualité. Malgré leur apparente simplicité (4 protéines centrales liées à des ARN de ~100 nucléotides), les snoRNP nécessitent un nombre étonnamment élevé de facteurs d'assemblage spécialisés. Les snoRNP C/D qui catalysent la modification séquence-spécifique 2'-O-méthylation du ribose de l'ARNr, nécessitent en effet les facteurs NUFIP1, ZNHIT3, ZNHIT6, NOPCHAP1 et le R2TP. Ils sont généralement conservés au fil de l'évolution et leur nombre dépasse souvent l'ensemble des composants de la particule RNP mature, ce qui souligne la généralité et l'importance de ce processus.spécialité
Sciences de la Vie et de la Santé - BioSElaboratoire
IMoPA - Ingénierie Moléculaire et Physiopathologie Articulaire
Mots clés
R2TP , ZNHIT6, Cryo-EM , snoRNP à boîtes C/D, Facteur d'assemblage, biologie structurale intégrative
Détail de l'offre
Le projet de thèse proposé par X. Manival et B. Bragantini du laboratoire IMoPA vise à élucider le rôle de la protéine ZNHIT6 et du complexe R2TP en tant que facteurs d'assemblage des snoRNP à boîtes C/D. Ces particules ribonucléoprotéiques, essentielles à la viabilité des cellules, participent à la maturation d'ARN, et en particulier des ARNr, par l'apport de modifications post-transcriptionnelles appelée 2'-O-méthylations. La/le candidat(e) pourra bénéficier de l'expertise de l'équipe RNA/P dans le domaine des complexe protéine:ARN et des infrastructures du laboratoire d'accueil. Il/elle sera amené(e) à produire et purifier des protéines recombinantes et complexes protéiques, et reconstituer des complexes protéine-ARN in vitro. Il/elle mettra en place une étude de l'assemblage de pré-complexes snoRNP C/D. Il/elle pourra purifié(e) une pré-snoRNP endogène. Cette étude ambitieuse mettra en évidence les différentes étapes précoces de l'assemblage des snoRNP C/D, en se centrant sur les facteurs essentiels ZNHIT6 et R2TP. Pour cela, la/le candidat(e) sera formé(e) à l'utilisation des techniques de biologie moléculaire, biochimie, culture cellulaire, caractérisation biophysique et à la biologie structurale intégrative (RMN et Cryo-EM).
Keywords
ZNHIT6, R2TP, cryo-EM, box C/D snoRNP, Assembly factors, integrative structural biology
Subject details
The PhD project proposed by X. Manival and B. Bragantini from the IMoPA laboratory aims to elucidate the role of the ZNHIT6 protein and the R2TP complex as assembly factors of box C/D snoRNPs. These ribonucleoprotein particles, essential for cell viability, participate in RNA maturation, particularly rRNA, by introducing post-transcriptional modifications known as 2'-O-methylation. The candidate will benefit from the expertise of the RNA/P team in the field of protein-RNA complexes and the infrastructure of the host laboratory. He/she will be responsible for producing and purifying recombinant proteins and protein complexes, as well as reconstituting protein-RNA complexes in vitro. He/she will set up a study on the assembly of pre-C/D snoRNP complexes and may also purify an endogenous pre-snoRNP. This ambitious study will highlight the early stages of C/D snoRNP assembly, focusing on the essential factors ZNHIT6 and R2TP. To achieve this, the candidate will be trained in molecular biology, biochemistry, cell culture, biophysical characterization and integrative structural biology techniques (NMR and cryo-EM).
Profil du candidat
- titulaire d'un Master 2 dans le domaine de la biologie
- compétences en biochimie des protéines
- compétences dans les techniques de biophysiques (ITC et RMN) et de biologie structurale (cryo-EM)
- ouvert(e) à une approche interdisciplinaire
- dynamique, autonome, sociable et motivé(e)
Candidate profile
- Holder of a Master's degree (Master 2) in the field of biology
- Skills in protein biochemistry
- Expertise in biophysical techniques (ITC and NMR) and structural biology (cryo-EM)
- Open to an interdisciplinary approach
- Dynamic, autonomous, sociable, and motivated
Référence biblio
- Massenet, S., Bertrand, E. & Verheggen, C. Assembly and trafficking of box C/D and H/ACA snoRNPs. RNA Biology 14, 680–692 (2017)
- Munoz-Hernandez, H. et al. Structural mechanism for regulation of the AAA-ATPases RUVBL1-RUVBL2 in the R2TP co-chaperone revealed by cryo-EM. Science advances 5, eaaw1616 (2019)
- Henri, J. et al. Deep Structural Analysis of RPAP3 and PIH1D1, Two Components of the HSP90 Co-chaperone R2TP Complex. Structure (2018) doi:10.1016/j.str.2018.06.002
- McKeegan, K. S., Debieux, C. M. & Watkins, N. J. Evidence that the AAA+ proteins TIP48 and TIP49 bridge interactions between 15.5K and the related NOP56 and NOP58 proteins during box C/D snoRNP biogenesis. Mol Cell Biol 29, 4971–81 (2009)
- Maurizy, C. et al. The RPAP3-Cterminal domain identifies R2TP-like quaternary chaperones. Nature communications 9, 2093 (2018)
- Kakihara, Y., Makhnevych, T., Zhao, L., Tang, W. & Houry, W. A. Nutritional status modulates box C/D snoRNP biogenesis by regulated subcellular relocalization of the R2TP complex. Genome biology 15, 404 (2014)
- Yu, G. et al. Yeast R2TP Interacts with Extended Termini of Client Protein Nop58p. Scientific Reports 9, 20228 (2019)
- Bizarro, J. et al. Proteomic and 3D structure analyses highlight the C/D box snoRNP assembly mechanism and its control. The Journal of cell biology 207, 463–80 (2014)
- Paul, A. et al. Bcd1p controls RNA loading of the core protein Nop58 during C/D box snoRNP biogenesis. Rna 25, 496–506 (2019)
- Khoshnevis, S., Dreggors, R. E., Hoffmann, T. F. R. & Ghalei, H. A conserved Bcd1 interaction essential for box C/D snoRNP biogenesis. The Journal of biological chemistry 294, 18360–18371 (2019)
- Abel, Y. et al. NOPCHAP1 is a PAQosome cofactor that helps loading NOP58 on RUVBL1/2 during box C/D snoRNP biogenesis. Nucleic Acids Res 49, 1094–1113 (2021)