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TB-VAC-AN-SCEN - Tuberculose bovine et scénarios de vaccination des blaireaux : analyse éco-épidémiologique, estimation des coûts et modélisation des bénéfices épidémiologiques

Offre de thèse

TB-VAC-AN-SCEN - Tuberculose bovine et scénarios de vaccination des blaireaux : analyse éco-épidémiologique, estimation des coûts et modélisation des bénéfices épidémiologiques

Date limite de candidature

20-06-2025

Date de début de contrat

31-10-2025

Directeur de thèse

RICHOMME Céline

Encadrement

Encadrement de la thèse : Céline RICHOMME (celine.richomme@anses.fr), co-encadrant Benoit DURAND (benoit.durand@anses.fr) et Stéphanie DESVAUX (stephanie.desvaux@ofb.gouv.fr)

Type de contrat

Financement d'un établissement public Français

école doctorale

BioSE - Biologie Santé Environnement

équipe

contexte

Depuis la fin des années 2000, des infections à Mycobacterium bovis (M. bovis) ont été identifiées autour de foyers bovins de tuberculose en France hexagonale chez plusieurs espèces sauvages (Blaireau d'Europe, Cerf élaphe Sanglier, Chevreuil, Renard roux) (Reveillaud et al., 2018 ; Richomme et al., 2020). Aussi des mesures de lutte dans le compartiment sauvage sont mises en œuvre, visant non pas l'éradication chez les animaux sauvages mais la réduction du risque d'infection pour les bovins : identification des zones d'infection (surveillance), diminution des densités de blaireaux par piégeage en zones infectées (en priorisant les zones à proximité des élevages foyers), gestion des déchets de chasse, maîtrise des populations de sangliers, ou encore amélioration de la biosécurité en élevage, pour limiter les interaction bovins - faune sauvage (Arrêté ministériel du 7 décembre 2016). Le Blaireau d'Europe est l'une des espèces sauvages qui peut contribuer de manière significative à la circulation de M. bovis au sein de systèmes multi-hôtes, où les bovins sont les hôtes initialement infectés et qui peuvent, à eux seuls, maintenir l'infection en l'absence de mesures de contrôle. Les blaireaux partagent une partie de leur habitat avec les bovins, en particulier au niveau des pâtures où ils peuvent s'infecter. La bactérie peut ensuite circuler au sein des groupes sociaux de blaireaux, et certains individus peuvent ensuite excréter M. bovis dans cet environnement partagé, pouvant ainsi infecter les bovins (Bouchez-Zacria et al., 2023). Les autres espèces sauvages sensibles à M. bovis et trouvées infectées en France présentent le plus souvent des taux d'infection inférieurs et/ou n'ont semble-t-il pas le même rôle dans le maintien ou la transmission de la maladie, du fait notamment de leurs caractéristiques écologiques. Aussi les mesures de destruction liées à la gestion de la tuberculose bovine dans les zones infectées actuellement mises en œuvre concernent uniquement les blaireaux. Ces mesures montrent cependant des faiblesses et limites épidémiologiques, opérationnelles, écologiques ou encore éthiques. Dans ce contexte, l'outil vaccinal apparait comme une mesure de lutte intéressante, complémentaire voire alternative à certains abattages de blaireaux, pour diminuer la circulation de l'infection dans les zones d'enzootie, et a été préconisée dans l'avis de 2019 de l'Anses, sur la base de résultats obtenus en République d'Irlande, en Angleterre et en Irlande du Nord qui montraient notamment des diminutions du taux de blaireaux infectés dans les zones de vaccination (Aznar et al., 2017 ; Smith et al., 2020 ; Arnold et al., 2021). Depuis 2022, une étude de vaccination par voie injectable du blaireau contre la TB en Dordogne (TB-VAC) est en cours, pour in fine proposer une stratégie d'abattage ciblé des animaux infectés couplé à une vaccination des autres animaux. Les objectifs spécifiques de TBVAC sont de tester la faisabilité opérationnelle et d'estimer les couts de mise en œuvre de cette stratégie dans une zone d'enzootie, ainsi que d'en mesurer les effets sur les taux d'infection des blaireaux et des bovins, pendant les quatre années de déploiement du projet.

spécialité

Sciences de la Vie et de la Santé - BioSE

laboratoire

Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy

Mots clés

Epidémiologie, modélisation, stratégie vaccinale, Mycobacterium bovis, Meles meles

Détail de l'offre

Le Blaireau d'Europe (Meles meles) est l'une des espèces sauvages qui peut, dans certains zones d'enzootie bovine, contribuer de manière significative à la circulation de l'agent responsable de la tuberculose bovine TB, Mycobacterium bovis, au sein de système multi-hôtes bovins-faune sauvage. Actuellement en France des mesures de capture et mise à mort des blaireaux liées à la gestion de la TB sont mises en œuvre dans ces zones infectées. Ces mesures montrent cependant des faiblesses et limites épidémiologiques, écologiques, opérationnelles ou encore éthiques. Dans ce contexte, l'outil vaccinal apparait comme une mesure de lutte intéressante, complémentaire voire alternative à l'abattages de blaireaux. Il est utilisé en République d'Irlande, en Angleterre et en Irlande du Nord avec des résultats montrant une diminution la circulation de M. bovis dans les zones d'enzootie. En 2023, un projet (TBVAC) de vaccination par voie injectable du blaireau contre la TB pendant 4 ans a été initié en Dordogne, pour in fine proposer une stratégie d'abattage ciblé des animaux infectés couplé à une vaccination des autres animaux.
Le projet de thèse que nous proposons s'adosse à cette étude et vise en premier lieu à produire une analyse descriptive quantitative détaillée des données écologiques, épidémiologiques, fonctionnelles et financières acquises pendant les 4 années pour non seulement estimer les paramètres de couverture et d'efficacité vaccinale, mais également décrire les caractéristiques fonctionnelles et financières de la stratégie déployée de 2023 à 2026. Le second volet a pour objectif d'identifier un ensemble de scénarios déployables dans d'autres zones mais soutenables (au sens de supportables financièrement) par les gestionnaires (scénarios « soutenables »), en envisageant différentes stratégies vaccinales et modèles d'acteurs pour leur mise en œuvre. Le troisième volet a pour objectif d'adapter un modèle existant pour simuler l'impact de chacun des scénarios sur la dynamique de transmission de M. bovis au sein d'un groupe social de blaireaux, puis d'évaluer l'efficacité de ces scénarios en termes de réduction du nombre de reproduction de la tuberculose bovine (i) entre groupes sociaux de blaireaux, et (ii) des groupes sociaux de blaireaux vers les élevages de bovins en contact. En combinant ces évaluations d'efficacité avec les coûts d'implémentation des différents scénarios estimés dans les volets (1) et (2), le travail aboutira finalement à des ratios coût/efficacité qui pourront être évalués dans différents contextes variant selon les caractéristiques des réseaux de voisinage entre groupes sociaux de blaireaux, et entre ces derniers et les élevages de bovins.

Keywords

Epidemiology, Modelling, vaccine, strategy, M. bovis, Meles meles

Subject details

The European badger (Meles meles) is one of the wild species that can contribute significantly to the circulation of M. bovis within multi-host bovine-wildlife systems in some areas. Currently in France, bovine tuberculosis (TB) management measures include the culling of badgers in these infected areas. However, these measures show epidemiological, ecological, operational and ethical weaknesses and limitations. In this context, the vaccination of badgers appears to be an interesting control measure, complementary or even alternative to the culling of badgers. Bacillus Calmette-Guérin (BCG) Vaccine is used in the Republic of Ireland, England and Northern Ireland with results showing a reduction in the circulation of M. bovis in enzootic areas. In 2023, a project (TBVAC) for BCG vaccination by intra-muscular route of badgers was initiated for 4 years in Dordogne, to propose, in fine, a strategy of targeted culling of infected animals coupled with the vaccination of other animals. The PhD proposed is based on this study and aims firstly to produce a detailed quantitative descriptive analysis of the ecological, epidemiological, functional and financial data acquired during the 4 years of TBVAC, to estimate the parameters of coverage and vaccine efficacy, and to describe the functional and financial characteristics of the strategy deployed from 2023 to 2026. The second part aims to identify a set of scenarios that could be deployed in other areas and sustainable (in the sense of financially supportable) by animal health authorities ('sustainable' scenarios), by considering different vaccination strategies and actor models for their implementation. The third part of the thesis aims to adapt an existing model to simulate the impact of each scenario on the transmission dynamics of M. bovis within a badger social group, and then to evaluate the effectiveness of these scenarios in terms of reducing the reproduction number of bovine tuberculosis (i) between badger social groups, and (ii) from badger social groups to in-contact cattle farms. By combining these effectiveness assessments with the implementation costs of the different scenarios estimated in parts (1) and (2), the work will finally result in cost/effectiveness ratios that can be evaluated in different contexts varying according to the characteristics of the neighbourhood networks between badger social groups, and between these and cattle farms.

Profil du candidat

Compétences attendues et/ou qui devront être développées au cours de la thèse:
- analyse de données écologiques et épidémiologiques
- modélisation dynamique
- rédaction d'articles scientifiques en anglais
- autonomie, rigueur scientifique et rédactionnelle
- travail en équipe, contribution à la vie scientifique de l'équipe

Les dossiers (CV + lettre de motivation + noms de 2 personnes référentes) sont à envoyer dès à présent et au plus tard le 20 juin 2025 à celine.richomme@anses.fr, benoit.durand@anses.fr et stephanie.desvaux@ofb.gouv.fr

Candidate profile

Skills expected and/or to be developed during the thesis:
- analysis of ecological and epidemiological data
- dynamic modeling
- writing scientific articles in English
- autonomy, scientific and editorial rigor
- teamwork, contribution to the team's scientific life

Référence biblio

Arnold, M.E., Courcier, E.A., Stringer, L.A., McCormick, C.M., Pascual-Linaza, A.V., Collins, S.F., Trimble, N.A., Ford, T., Thompson, S., Corbett, D., Menzies, F.D., 2021. A Bayesian analysis of a Test and Vaccinate or Remove study to control bovine tuberculosis in badgers (Meles meles). PLoS ONE 16, e0246141. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0246141
Aznar, I., Frankena, K., More, S.J., O'Keeffe, J., McGrath, G., de Jong, M.C.M., 2018. Quantification of Mycobacterium bovis transmission in a badger vaccine field trial. Prev Vet Med 149, 29–37. https://doi.org/10.1016/j.prevetmed.2017.10.010
Bouchez-Zacria, M., Jabert, P., Réveillaud, É., Richomme, C., Marsot, M., 2024. Intra- and interspecies infectious neighbourhoods as determinant parameters for Mycobacterium bovis infection among badgers in southwestern France. Prev Vet Med 225, 106146. https://doi.org/10.1016/j.prevetmed.2024.106146
Bouchez-Zacria, M., Payne, A., Girard, S., Richomme, C., Boschiroli, M.-L., Marsot, M., Durand, B., Desvaux, S., 2023. Spatial association of Mycobacterium bovis infection in cattle and badgers at the pasture interface in an endemic area in France. Preventive Veterinary Medicine 220. https://doi.org/10.1016/j.prevetmed.2023.106044
Marsot, M., Bernard, C., Payne, A., Rossi, S., Ruette, S., Desvaux, S., Richomme, C., Bouchez-Zacria, M., Durand, B., 2022. “BACACIX”, a spatial index combining proxies of bovine and badger space use associated with extended Mycobacterium bovis circulation in France. Preventive Veterinary Medicine 105817. https://doi.org/10.1016/j.prevetmed.2022.105817
Réveillaud, É., Desvaux, S., Boschiroli, M.-L., Hars, J., Faure, É., Fediaevsky, A., Cavalerie, L., Chevalier, F., Jabert, P., Poliak, S., Tourette, I., Hendrikx, P., Richomme, C., 2018. Infection of Wildlife by Mycobacterium bovis in France Assessment Through a National Surveillance System, Sylvatub. Front. Vet. Sci. 5. https://doi.org/10.3389/fvets.2018.00262
Richomme, C., Réveillaud, E., Moyen, J.-L., Sabatier, P., De Cruz, K., Michelet, L., Boschiroli, M.L., 2020. Mycobacterium bovis Infection in Red Foxes in Four Animal Tuberculosis Endemic Areas in France. Microorganisms 8, 1070. https://doi.org/10.3390/microorganisms8071070
Smith, G.C., Budgey, R., 2021. Simulating the next steps in badger control for bovine tuberculosis in England. PLoS One 16, e0248426. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0248426