Offre de thèse
LUE : Etude des systèmes de détoxication de champignons ectomycorhiziens dans un contexte de compétition inter-espèces
Date limite de candidature
31-05-2025
Date de début de contrat
01-10-2025
Directeur de thèse
MOREL Mélanie
Encadrement
Les directrices de thèse accompagneront le/la doctorant(e) au quotidien au travers de réunions hebdomadaires de suivi du projet et se rendront disponibles au quotidien. Le/la doctorante bénéficiera des expertises des ingénieurs et techniciens du laboratoire pour les aspects techniques de la recherche et de l'expertise scientifique des différents chercheurs de l'unité et du collaborateur australien pour la stratégie scientifique. Le doctorant participera aux activités de l'unité et en particulier aux journées doc-post-docs, ainsi qu'aux séminaires d'unité. Il sera formé à établir une stratégie scientifique, à analyser et présenter ses résultats. Il/elle bénéficiera également des offres de formation de l'école doctorale. La politique de l'unité est de favoriser la participation des doctorants à des congrès internationaux et une mobilité en Australie est prévue dans le projet. Il/elle pourra également s'impliquer dans des dispositifs proposés par l'Université de Lorraine pour développer des actions de vulgarisation auprès des étudiants ou de valorisation de la recherche (programme ORION).
Type de contrat
école doctorale
équipe
Réponse au stress & régulation redoxcontexte
Cette proposition est le fruit d'une collaboration entre le Hawkesbury Institute for the Environment, Western Sydney University (Australie) et l'unité IAM (Université de Lorraine/INRAe). Il s'agit d'une collaboration de longue date qui a débuté en 2011. Le succès de la collaboration est attesté par 2 projets collaboratifs financés, 3 voyages de mobilité entre les chercheurs des deux parties et 15 publications résultant de la coopération. Cette collaboration s'étend à un réseau international par l'intermédiaire du Community Science Program (CSP) du JGI, financé par le ministère américain de l'énergie. Ce programme international se concentre sur des projets scientifiques génomiques à grande échelle qui abordent des questions pertinentes pour les missions de l'Office of Biological and Environmental Research (BER) du DOE, à savoir la production de biocarburants et de bioproduits durables, l'exploitation d'approches systémiques pour découvrir les capacités fonctionnelles des plantes, des microbes et des communautés microbiennes, le cycle mondial du carbone et des nutriments, et la biogéochimie. Plus précisément, le projet proposé vise à combiner différentes approches pour comprendre les stratégies de résilience des champignons dans des conditions de stress pour mieux évaluer leurs potentiels pour améliorer la santé, la productivité voire la survie des plantes.spécialité
Biologie et écologie des forêts et des agrosystèmeslaboratoire
IAM - Interactions Arbres Microrganismes
Mots clés
stress, champignon, detoxication, symbiose, protéines
Détail de l'offre
Nous recherchons un(e) candidat(e) très motivé(e) pour un poste de doctorant(e) de 3 ans pour combiner des approches de génomique et de transcriptomique avec des analyses fonctionnelles de protéines d'intérêt. Ce poste sera ouvert en octobre 2025 dans l'équipe « réponse au stress et régulation redox »/Unité d'interaction Arbre-Microbe (IAM) de l'Université de Lorraine (France) (https://mycor.iam.inrae.fr/IAM/?page_id=17), à l'interface avec l'équipe Ecogénomique des interactions, INRAE Grand Est-Nancy, ainsi qu'avec le Hawkesbury Institute for the Environment de l'Université de Western Sydney (Australie).
Le projet étudiera comment la colonisation des racines d'Eucalyptus par le champignon ectomycorhizien Pisolithus peut être réprimée par des signaux provenant de champignons compétiteurs. Ce projet est à la pointe de la recherche dans le développement de nouveaux outils de gestion holistique pour restaurer les habitats forestiers, promouvoir la biodiversité et augmenter la productivité des plantations. Il vise à améliorer le succès des semis en exploitant les voies de signalisation naturelles des champignons pour favoriser un microbiome racinaire efficace pour optimiser la santé des plantes en particulier en conditions de stress. Certaines souches de Pisolithus sont de bons compétiteurs face à d'autres espèces fongiques et d'autres le sont moins. L'objectif du projet est de comprendre les bases moléculaires de ces phénotypes en focalisant sur les mécanises de signalisation, la production de métabolites fongiques et les systèmes de résistance et de détoxification des champignons, dans des modèles d'interactions champignon/champignon, en condition de stress ou non et en présence ou non de la plante hôte. De nombreuses données « omics » sont déjà disponibles et permettront d'identifier rapidement les protéines d'intérêt. Le laboratoire d'accueil dispose d'une expertise dans la production de protéines recombinantes, leur purification et leur caractérisation fonctionnelle par des approches à la fois biochimiques et physiologiques. Le candidat aura également un accès privilégié aux trois plateformes disponibles dans l'unité : la plateforme d'écogenomique (https://mycor.iam.inrae.fr/IAM/?page_id=6365), la plateforme d'ingénierie des protéines (https://mycor.iam.inrae.fr/IAM/?page_id=6140) et la plateforme ASIA pour l'analyse des interactions moléculaires (https://a2f.univ-lorraine.fr/asia/).
Les travaux se dérouleront principalement à l'Université de Lorraine et à l'INRAE Nancy, et une période de mobilité au Hawkesbury Institute for the Environment en Australie est prévue pour certaines expériences.
Keywords
stress, fungi, detoxification, symbiosis, proteins
Subject details
We are seeking for a highly motivated candidate for a 3 years PhD position to combine genomics, transcriptomics and functional analysis of proteins. This position will open in October 2025 in the team “stress response and redox regulation”/Tree-Microbe interaction Unit (IAM) at Lorraine University (France), at the interface with the team Ecogenomics of interactions, INRAE Grand Est-Nancy, as well as the Hawkesbury Institute for the Environment from the Western Sydney University (Australia). The project will study how colonisation of Eucalyptus roots by the ectomycorrhizal fungus Pisolithus can be suppressed by signals from competing fungi. This project is at the forefront of research into the development of new holistic management tools to restore forest habitats, promote biodiversity and increase plantation productivity. It aims to improve seedling success by exploiting natural signalling pathways of fungi to promote an effective root microbiome to optimise plant health, particularly under stressful conditions. Certain strains of Pisolithus are good competitors with other fungal species, while others are less so. The aim of the project is to understand the molecular basis of these phenotypes by focusing on signalling mechanisms, the production of fungal metabolites and the resistance and detoxification systems, in models of fungus/fungus interactions, under stressed or unstressed conditions and in the presence or absence of the host plant. A large amount of ‘omics' data is already available and will enable the proteins of interest to be identified rapidly. The host laboratory has expertise in the production of recombinant proteins, their purification and functional characterisation using both biochemical and physiological approaches. The candidate will also have privileged access to the three platforms available in the unit: the ecogenomics platform (https://mycor.iam.inrae.fr/IAM/?page_id=6365), the protein engineering platform (https://mycor.iam.inrae.fr/IAM/?page_id=6140) and the ASIA platform for the analysis of molecular interactions (https://a2f.univ-lorraine.fr/asia/). Most of the work will be carried out at the Université de Lorraine and INRAE Nancy, with a period of mobility at the Hawkesbury Institute for the Environment in Australia planned for certain experiments.
Profil du candidat
Nous recherchons un/une biologiste moléculaire avec des compétences en microbiologie. Le projet nécessitera d'analyser des données génomiques et transcriptomiques et de produire, purifier et caractériser des protéines recombinantes. Des compétences dans ces domaines seraient un atout. Le/la candidat(e) doit savoir communiquer en anglais pour pouvoir interagir avec les partenaires étrangers. Nous recherchons des qualités humaines indispensables au travail en équipe à savoir de la motivation, de l'enthousiasme et de bonnes capacités de communication.
Candidate profile
We are looking for a molecular biologist with skills in microbiology. The project will involve analysing genomic and transcriptomic data and producing, purifying and characterising recombinant proteins. Skills in these areas would be an asset. The candidate must be able to communicate in English to be able to interact with foreign partners. We are looking for the human qualities that are essential for teamwork: motivation, enthusiasm and good communication skills.
Référence biblio
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