Approche science des données pour l'exploration de l'antigénicité HLA fondée sur les structures 3D et la dynamique moléculaire
Data science approach for the exploration of HLA antigenicity based on 3D structures and molecular dynamics
Jury
Directeur de these_DEVIGNES_Marie-Dominique_UNIVERSITÉ DE LORRAINE
Rapporteur_CAZALS_Frédéric_UNIVERSITÉ CÔTES D'AZUR
Rapporteur_MARTIN_Juliette_ENS Lyon
Examinateur_DAUCHEZ_Manuel_UNIVERSITÉ REIMS CHAMPAGNE-ARDENNE
Examinateur_TOUTIRAIS_Olivier_UNIVERSITÉ DE CAEN
Examinateur_SMAÏL-TABBONE_Malika_UNIVERSITÉ DE LORRAINE
CoDirecteur de these_TAUPIN_Jean-Luc_UNIVERSITÉ PARIS-CITÉ
école doctorale
IAEM - INFORMATIQUE - AUTOMATIQUE - ELECTRONIQUE - ELECTROTECHNIQUE - MATHEMATIQUES
Laboratoire
LORIA - Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications
Mention de diplôme
Informatique
A008
615 Rue du Jardin-Botanique, INRIA Centre de l'Université de Lorraine, 54600 Villers-lès-Nancy
Mots clés
science des données,compatibilité des greffons,système HLA,modélisation moléculaire,machine learning,dynamique moléculaire
Résumé de la thèse
Cette thèse présente une approche de science des données pour explorer l'antigénicité des molécules du complexe majeur d'histocompatibilité (HLA en anglais) en se basant sur leurs structures 3D et des simulations de dynamique moléculaire (MD).L'objectif principal est de mieux comprendre les déterminants du rejet de greffe causé par les anticorps spécifiques du donneur (DSA en anglais) et d'améliorer l'évaluation de la compatibilité donneur-receveur, qui ne prend actuellement pas en compte la structure 3D des antigènes HLA.La thèse a produit et analysé les structures 3D et les simulations MD de
Keywords
graft compatibility,HLA system,data science,machine learning,molecular modeling,molecular dynamics
Abstract
This thesis presents a data science approach to explore the antigenicity of Human Leukocyte Antigen (HLA) molecules based on their three-dimensional (3D) structures and molecular dynamics (MD) simulations. The primary objective is to better understand the determinants of graft rejection caused by donor-specific antibodies (DSAs) and to improve donor-recipient compatibility assessment, which currently does not consider the 3D structure of HLA antigens. The thesis produced and analyzed the 3D structures and MD simulations of 207 HLA antigens.
